Sesué se encuentra en el Valle de Sositana, junto a la ribera del río Ésera. El puente de Ocisa conecta al municipio con la salida a la A-139 que conecta con Benasque y Castejón de Sos, desde donde se sale hacia el sur del Ésera por el Congosto del Ventamillo.
El entorno del municipio es de alta montaña, al emplazarse en el entorno del Pirineo, cerca del Parque Natural de Posets-Maladeta. Sesué se sitúa a 1.050 metros de altitud y cuenta con una extensión de más de cinco kilómetros cuadrados.